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Full Metal Panic!! The Second Raid se passa cerca de dois meses após os eventos ocorridos no submarino Tuatha de Danaan, que deram fim a primeira fase dessa série. A Mithril toma conhecimento da existência de uma organização secreta que possui uma tecnologia capaz de contra-atacar a ECS (Sistema Eletronico de Camuflagem), utilizada pelos AS (Arm Slave) da Mithril.
Esta organização, conhecida como Amalgam, também possui o conhecimento acerca da "Tecnologia Negra", obtida dos "Whispereds", como Kaname Chidori, e, como outras agencias de inteligencia, eles pretendem obter mais conhecimento acerca dessa "Tecnologia Negra". Tudo parece ir de acordo com os planos da Amalgam quando a missão de Sousuke, que era de proteger Chidori, é cancelada pela Mithril...
Conseguirá a Amalgam se apoderar dos conhecimentos de Chidori? O que fará Sousuke agora que não mais tem a missão de proteger Chidori? Qual o segredo por traz dessa organização secreta, a Amalgam?